游戏名《蜥学东渐》取材于中国成语——西学东渐，指从明朝后期到近代西方学术思想向中国传播的历史过程。游戏灵感一部分来源于《银魂》中“天人”的设定，另一部分则来源于外国人民卓越的想象力。
故事发生在一个被称作伊芙利亚的幻想世界，热爱和平的原住民——精灵和来自天外的掠夺者——蜥蜴人进行过一场生死之战。幸运的是，侵略者没能挫败精灵不屈不挠的斗争；不幸的是，精灵也没有足够的能力将侵略者彻底赶出家园。
玩家将扮演一名星际交流学院的校长，抓住诡异但又难得的战略机遇期，在波云诡谲的局势中努力平衡各方势力和思潮。玩家经营的学校——伊芙利亚星际交流学院是一个各方势力云集、极其敏感的区域，一旦打破脆弱的平衡，无论结果如何，学校都将难以幸存。玩家需要在游戏中掌控学术、纪律、外族青睐、经济四项数值，并将它们控制在合理的范围内。
玩家可以心悦诚服，欣然接受蜥蜴人先进文明的指导；可以如履薄冰地寻求和平之道，在与狼共舞的同时壮大精灵的力量；亦或是撕碎这虚假的幻象，挫败蜥蜴人的阴谋，重燃轰轰烈烈的战火。